Binnen JHN worden alle gegevens uit de routine dagelijkse zorg van aangesloten huisartspraktijken verzameld. Deze omvatten patiëntkenmerken zoals geboortejaar, geslacht, de vier cijfers van de postcode; gestructureerde gegevens zoals diagnose codes (ICPC), medicatie voorschriften (ATC) en uitslagen van onderzoek (lichamelijk onderzoek, laboratorium onderzoek); en de vrije tekst (“SOEP-regels”) uit het dossier. 

Deze gegevens kunnen ook gekoppeld worden aan andere databronnen, zoals het CBS, ziekenhuisregistraties of het Integraal Kankercentrum Nederland (IKNL).